第一部的剧情背景，是人类为了切断矩阵的能源，发动了核战争，用核爆后的尘埃，遮蔽太阳的照射，企图让矩阵断电。
可是矩阵居然另出机枢，把人类当成生物电池圈养起来，导致清醒的人类只有极少数。
经过多年的战争，清醒的人大都累了，第一部中出现的叛徒不是个例，而是越来越多的人想要返回矩阵，宁愿被圈养。
这种思潮严重的影响到了反抗军存在的基础，他们本来人数就不多，要是再叛变一部分，剩下的人根本无力抵抗矩阵的进攻。
于是反抗军内部出现了分裂，有人想离开，可不想离开的人不让他们走，双方剑拔弩张，出现了严重的危机。
这个时候，主脑趁机提出了一个建议，它提供一种让人类开辟新家园的技术，让反抗军可以从此过上幸福无忧的生活，但前提是，不再干涉主脑圈养其他人类。
经过反抗军科学家的鉴定，这种技术是可行的，能在核尘埃上方建立一个浮空城，完全可以让反抗军所有人都过上富足的生活。
那么反抗军该如何选择？是抛弃还被圈养的同胞，自己享福去？还是拒绝主脑的建议，然后内部分裂？
继续和主脑对抗下去，不但内部要分裂，而且还看不到胜利的希望，似乎妥协才是正确的选择。
在如此艰难的情况下，主角和几个志同道合的同伴，依然坚持斗争，最后终于找到了希望，就是让人人都成为救世主！
沃卓斯基就是按照这个思路，花了不少精力，才写好了新的剧本。
现在骆天明提出了新的要求，如果按照这个思路写下去，那么第三部就该是人类出现了很多个尼奥一样的超人，在矩阵中纵横无敌。
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